脂肪肝的自然转归和预后主要取决于其病因及病理类型。各种原因所致的急性小泡性脂肪肝的临床表现和预后与急性重症肝炎相似，常有进行性肝性脑病、肾衰竭和DIC，严重病例在起病数小时至数天内死亡，总的病死率高达60%。但是此类患者罕见发生大块肝组织坏死，因此如能得到及时有效的处理，病情可望迅速好转，几乎不留任何后遗症。绝大多数慢性大泡性脂肪肝患者肝组织学改变进展缓慢甚至呈静止状态，预后相对良好。部分患者即使已并发脂肪性肝炎和肝纤维化，如能得到及时诊治，肝组织学改变仍可逆转，罕见因脂肪囊肿破裂并发脂肪栓塞而死亡。尽管流行病学研究显示，随着患者肥胖程度和血糖水平的增加，病死率显著升高，预期寿命明显缩短，但死因多非肝源性。因此，影响肥胖、糖尿病、高脂血症相关性脂肪肝患者预后的主要因素，可能并非肝疾病本身，而是同时并存的动脉粥样硬化性心、脑血管疾病。但是接受空回肠旁路减肥手术以及体重和血糖波动较大的脂肪肝患者，因并发亚急性脂肪性肝炎可很快进展为失代偿期肝硬化，最终死于肝功能衰竭、肝癌及其相关并发症。少数慢性NASH患者可缓慢进展为肝硬化，一旦发生肝硬化则其预后与一般门脉性肝硬化相同。但非酒精性脂肪性肝硬化多见于50岁以上的NASH患者，而40岁以下的NASH很少合并肝纤维化，目前已有儿童脂肪肝并发肝硬化的报道，需要特别关注。局灶性脂肪肝常为一可逆性改变，在随访中有的可见到病灶形态改变或消失，故其对患者的健康并不构成危害。肝炎后脂肪肝的预后主要取决于病毒性肝炎本身的进程，但同时合并的肥胖、糖尿病相关性脂肪肝可能有助于促进其肝病进展。酒精性脂肪肝因可直接通过中央静脉周围纤维化或合并酒精性肝炎进展为失偿期肝硬化，因此预后相对较非酒精性脂肪肝差，患者多数死于肝病相关并发症，偶尔亦可死于脂肪栓塞、低血糖和重症胰腺炎。